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Dan-yun XU; Hui-ju ZHANG; Ji-zu LIU; Hong-yang GAO; Quan YANG

doi:10.13422/j.cnki.syfjx.20210219

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Selection and Validation of Appropriate Reference Genes of Cinnamomum cassia and Cinnamomum cassia var. macrophyllum

更新时间：2021-12-03

- Selection and Validation of Appropriate Reference Genes of Cinnamomum cassia and Cinnamomum cassia var. macrophyllum
- Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae Vol. 27, Issue 4, Pages: 137-144(2021)
- 作者机构：
  
  广东药科大学，广州 510000
- 作者简介：
- 基金信息：
- DOI：10.13422/j.cnki.syfjx.20210219
  CLC： R284.2;R289;R22;R2-031
- Received：05 June 2020，
  
  Published Online：15 December 2020，
  
  Published：20 February 2021
- 稿件说明：
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许丹芸,张辉菊,刘基柱等.肉桂和大叶清化桂内参基因的筛选和验证[J].中国实验方剂学杂志,2021,27(04):137-144.

XU Dan-yun,ZHANG Hui-ju,LIU Ji-zu,et al.Selection and Validation of Appropriate Reference Genes of Cinnamomum cassia and Cinnamomum cassia var. macrophyllum[J].Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2021,27(04):137-144.
许丹芸,张辉菊,刘基柱等.肉桂和大叶清化桂内参基因的筛选和验证[J].中国实验方剂学杂志,2021,27(04):137-144. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.20210219.

XU Dan-yun,ZHANG Hui-ju,LIU Ji-zu,et al.Selection and Validation of Appropriate Reference Genes of Cinnamomum cassia and Cinnamomum cassia var. macrophyllum[J].Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2021,27(04):137-144. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.20210219.

摘要

目的

筛选适用于肉桂和大叶清化桂不同部位进行实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）分析的稳定内参基因，为肉桂和大叶清化桂皮枝叶3个不同部位的基因表达分析提供稳定的内参基因。

方法

以肉桂和大叶清化桂两种植物的皮、枝、叶等6个不同组织器官为实验材料，使用Real-time PCR技术对甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH），肌动蛋白（actin），泛素结合酶（UBE），组蛋白（histone）和微管蛋白（TUB）共5个内参基因的表达情况进行分析，进而使用3个常用的内参基因分析软件geNorm，NormFinder，BestKeeper，对候选内参基因的稳定性进行分析评价。

结果

5个内参基因在2种植物的皮、枝、叶中均有表达，但稳定性存在差异，综合分析得出候选内参基因表达稳定性顺序依次为GAPDH>actin>UBE>histone>TUB。对2种植物的内参基因分别进行分析，最优内参基因依然是GAPDH，表明GAPDH是最合适的内参基因。TUB和histone在3个软件中的排名均靠后，在内参基因的筛选中应被剔除，不适合在肉桂和大叶清化桂基因表达分析中使用。

结论

肉桂和大叶清化桂皮、枝、叶不同部位最适的内参基因为GAPDH，为后期开展这两种植物不同部位有效成分积累过程中基因的功能调控和表达研究提供了理论依据。

Abstract

Objective

To screen out stable internal reference genes suitable for real-time quantitative polymerase chain reaction（Real-time PCR） analysis of different parts of

Cinnamomum cassia

and

C. cassia

var.

macrophyllum

，in order to provide stable internal reference genes for gene expression analysis of three different parts of and

C. cassia

var.

macrophyllum

branches and leaves.

Method

With 6 different tissues and organs， such as bark，branches and leaves of two plants of

C. cassia

and

C. cassia

var.

macrophyllum

as experimental materials，Real-time PCR technology was used to detect the five internal reference genes， namely glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase（GAPDH），actin，ubiquitin-ligase enzymes（UBE），histone and tubin（TUB）. The analysis of the expression of the data. Furthermore， three commonly used internal reference gene analysis software，namely geNorm，NormFinder and BestKeeper，was used to analyze and evaluate the stability of the candidate internal reference gene.

Result

The internal five reference genes were expressed in the bark，branches and leaves of the two plants，but with differences in stability. Comprehensive analysis showed that the expression stability of candidate internal reference genes was in the order of GAPDH

actin

UBE

histone

TUB. The internal reference genes of the two plants were analyzed separately，and the optimal internal reference gene was still GAPDH，indicating that GAPDH was the most suitable internal reference gene. TUB and histone ranked low in the three software，and should be eliminated in the screening of reference genes. They were not suitable for gene expression analysis of

C. cassia

and

C. cassia

var.

macrophyllum

Conclusion

The most suitable internal reference gene for different parts of cinnamon，branches，and leaves of

C. cassia

and

C. cassia

var.

macrophyllum

was GAPDH. In this study，a screening system for internal reference genes of Real-time PCR of

C. cassia

and

C. cassia

var.

macrophyllum

was established to provide theoretical basis for studying functional regulation and expression of genes during the accumulation of effective components in different parts.

关键词

Keywords

references

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Selection and Validation of Appropriate Reference Genes of Cinnamomum cassia and Cinnamomum cassia var. macrophyllum

DOI：10.13422/j.cnki.syfjx.20210219

摘要

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