Genetic Diversity Analysis of <italic style="font-style: italic">Erigeron breviscapus</italic> Based on SSR Markers

Xing TIAN; Zhong-ji LI; Xiao-li LIU; Guo-dong LI

doi:10.13422/j.cnki.syfjx.20211119

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Genetic Diversity Analysis of Erigeron breviscapus Based on SSR Markers

Pharmacy Fundamentals | 更新时间：2021-08-18

- Genetic Diversity Analysis of Erigeron breviscapus Based on SSR Markers
- Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae Vol. 27, Issue 18, Pages: 136-143(2021)
- 作者机构：
  
  云南中医药大学云南省傣医药与彝医药重点实验室，云南省中医药分子生物学重点实验室，昆明 650500
- 作者简介：
- 基金信息：
- DOI：10.13422/j.cnki.syfjx.20211119
  CLC： R284.2;R289;R22;R2-031;R33
- Received：28 April 2021，
  
  Published Online：06 July 2021，
  
  Published：20 September 2021
- 稿件说明：
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田星,李中霁,刘小莉等.基于SSR分子标记的灯盏花遗传多样性分析[J].中国实验方剂学杂志,2021,27(18):136-143.

TIAN Xing,LI Zhong-ji,LIU Xiao-li,et al.Genetic Diversity Analysis of Erigeron breviscapus Based on SSR Markers[J].Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2021,27(18):136-143.
田星,李中霁,刘小莉等.基于SSR分子标记的灯盏花遗传多样性分析[J].中国实验方剂学杂志,2021,27(18):136-143. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.20211119.

TIAN Xing,LI Zhong-ji,LIU Xiao-li,et al.Genetic Diversity Analysis of Erigeron breviscapus Based on SSR Markers[J].Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2021,27(18):136-143. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.20211119.

摘要

目的

研究灯盏花

Erigeron breviscapus

居群遗传多样性，为灯盏花资源的合理利用与保护提供科学依据。

方法

采用12对简单重复序列（SSR）分子标记对灯盏花16个野生居群共243个样品进行遗传多样性研究，计算遗传多样性参数，并进行主坐标分析和结构聚类分析。

结果

共检测到209个等位基因，平均每个位点的等位基因数为17.417个；基于12对SSR引物和16个灯盏花居群，观测杂合度（

）分别为0.603，0.613，期望杂合度（

）分别为0.658，0.659，香浓（Shannon）信息指数（

）分别为1.443，1.446，遗传分化系数（

）0.123，基因流（

）2.077；分子方差分析（AMOVA）与遗传分化分析结果显示主要变异来源于居群内个体间变异；居群间遗传距离和遗传一致度分别为0.107（YA和XY）~0.713（SZ和XZD），0.490（SZ和XZD）~0.899（YA和XY）；主坐标分析和结构聚类分析分别将16个居群分为2组。

结论

SSR分子标记结果显示，灯盏花居群遗传多样性较高，居群内和居群间具有一定的遗传分化和

；遗传变异主要存在于居群内个体间。该实验结果可为灯盏花后续的优良种质选育等研究提供参考依据。

Abstract

Objective

To explore the genetic diversity and population structure of

Erigeron breviscapus

， so as to provide a scientific basis for its resource protection and rational utilization.

Method

Twelve pairs of simple sequence repeat（SSR） primers were screened out from 243 individuals in 16 natural populations to calculate the genetic diversity parameters of

E. breviscapus

， which were then subjected to principal coordinate analysis and cluster analysis.

Result

Twelve SSR markers generated 209 alleles， with an average of 17.417 alleles per locus. Based on 12 SSR markers and 16 populations of

E. breviscapus

， the observed heterozygosity （

） values were determined to be 0.603 and 0.613， the expected heterozygosity （

）to be 0.658 and 0.659， and the Shannon's information index （

） to be 1.443 and 1.446， respectively. The Wright's fixation index （

） was 0.123 and gene flow （

） was 2.077. Analysis of molecular variance （AMOVA） and genetic differentiation revealed that genetic variation within populations was the main source of total variation. The Nei's genetic distance and genetic identity coefficients were within the ranges of 0.107 （YA and XY）-0.713 （SZ and XZD） and 0.490 （SZ and XZD）-0.899 （YA and XY）， respectively. As demonstrated by the principal coordinate analysis and cluster analysis， the 16 populations of

breviscapus

were divided into two clusters.

Conclusion

The genetic diversity of

E. breviscapus

was relatively high and there existed certain genetic differentiation and gene flow within and among populations. The genetic variation was mainly present within populations. All these have provided reference for subsequent study on good germplasm selection of

E. breviscapus.

关键词

Keywords

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