Optimization of SRAP-PCR System for <italic style="font-style: italic">Valeriana officinalis</italic> var. <italic style="font-style: italic">latifolia </italic>and Primer Screening

Fang-yu LIANG; Mao-qiu HE; Chang-yan XU; Xiao-sheng YANG; Juan YANG; Zhong-sheng LUO; Rong-gui QIN

doi:10.13422/j.cnki.syfjx.20211412

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Optimization of SRAP-PCR System for Valeriana officinalis var. latifolia and Primer Screening

更新时间：2021-10-29

- Optimization of SRAP-PCR System for Valeriana officinalis var. latifolia and Primer Screening
- Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae Vol. 27, Issue 23, Pages: 163-171(2021)
- 作者机构：
  
  1.贵州医科大学药学院，贵阳 550025
  2.贵州省中国科学院天然产物化学重点实验室，贵阳 550014
  3.省部共建药用植物功效与利用国家重点实验室，贵阳 550014
- 作者简介：
- 基金信息：
- DOI：10.13422/j.cnki.syfjx.20211412
  CLC： R284.2;R289;R22;R2-031;R33
- Received：26 August 2021，
  
  Published Online：28 September 2021，
  
  Published：05 December 2021
- 稿件说明：
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梁芳瑜,何茂秋,徐昌艳等.宽叶缬草SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选[J].中国实验方剂学杂志,2021,27(23):163-171.

LIANG Fang-yu,HE Mao-qiu,XU Chang-yan,et al.Optimization of SRAP-PCR System for Valeriana officinalis var. latifolia and Primer Screening[J].Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2021,27(23):163-171.
梁芳瑜,何茂秋,徐昌艳等.宽叶缬草SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选[J].中国实验方剂学杂志,2021,27(23):163-171. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.20211412.

LIANG Fang-yu,HE Mao-qiu,XU Chang-yan,et al.Optimization of SRAP-PCR System for Valeriana officinalis var. latifolia and Primer Screening[J].Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2021,27(23):163-171. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.20211412.

摘要

目的

建立宽叶缬草的相关序列扩增多态性（SRAP）-聚合酶链式反应（PCR）反应体系，为宽叶缬草良种选育提供理论和技术基础。

方法

采用单因素试验考察

Taq

Mix用量，Mg

浓度，模板DNA浓度，

Taq

DNA聚合酶浓度对宽叶缬草SRAP-PCR扩增结果的影响，以此为基础进行正交试验，优化宽叶缬草SRAP-PCR反应体系，并在最优反应体系条件下筛选可用于宽叶缬草遗传多样性研究的有效引物。

结果

单因素实验结果表明

Taq

Mix用量为8~11 μL时扩增效果较佳；加入低浓度Mg

可获得较佳扩增效果；中低浓度模板DNA用量可提高扩增效果；加入少量

Taq

DNA聚合酶可增加扩增结果丰富度。正交实验结果表明各因素对宽叶缬草SRAP-PCR扩增结果的影响程度大小依次为

Taq

Mix用量

Taq

DNA聚合酶加入量

加入量

模板DNA用量。适于宽叶缬草的最优反应体系为

Taq

Mix 11 μL，模板DNA 30 ng，Mg

0.025 mmol·L

-1

，

Taq

DNA 1.5 U，正向引物与反向引物各5 μmol·L

-1

，用双蒸水补足体系至 20 μL。最优退火温度为36.8 ℃。应用最优体系从88对引物中筛选出17对适用于宽叶缬草SRAP-PCR的条带清晰、多态性较高的有效引物。

结论

建立的宽叶缬草SRAP-PCR反应体系稳定性良好，可用于宽叶缬草遗传多样性研究。

Abstract

Objective

To establish the sequence-related amplified polymorphism （SRAP）-polymerase chain reaction （PCR） system for

Valeriana officinalis

var.

latifolia

，so as to lay the theoretical and technical foundations for the breeding of

V. officinalis

var.

latifolia

Method

Single factor test was applied to investigate the effects of

Taq

Mix dose，Mg

concentration，template DNA concentration，and

Taq

DNA polymerase content on SRAP-PCR amplification of

V. officinalis

var.

latifolia

，based on which the orthogonal experiments were performed to optimize the SRAP-PCR system for

V. officinalis

var.

latifolia

. The effective primers that could be used for genetic diversity studies of

V. officinalis

var.

latifolia

were selected under the optimal reaction condition.

Result

The results of the single factor test showed that

Taq

Mix dose within the range of 8-11 μL resulted in better amplification. The addition of a low concentration of Mg

，the medium to low concentrations of template DNA，or the low concentration of

Taq

DNA polymerase enhanced the amplification efficiency or richness. As demonstrated by the orthogonal experiments，the influencing degrees of related factors on SRAP-PCR amplification of

V. officinalis

var.

latifolia

were sorted in a descending order as follows：

Taq

Mix dose

Taq

DNA polymerase content

concentration

template DNA concentration. The optimal reaction system for

V. officinalis

var.

latifolia

was determined to consist of 11 μL of

Taq

Mix，30 ng of template DNA，0.025 mmol·L

-1

，1.5 U

Taq

DNA polymerase，5 μmol·L

-1

forward primer，and 5 μmol·L

-1

reverse primer，which was supplemented to 20 μL with ddH

O. The optimal annealing temperature was 36.8 ℃. A total of 17 pairs of effective primers with high band resolution and polymorphism were selected from 88 primer pairs for SRAP-PCR of

V. officinalis

var.

latifolia

Conclusion

The established SRAP-PCR system for

V. officinalis

var.

latifolia

is stable， which can be used for genetic diversity studies of

V. officinalis

var.

latifolia

关键词

Keywords

references

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Optimization of SRAP-PCR System for Valeriana officinalis var. latifolia and Primer Screening

DOI：10.13422/j.cnki.syfjx.20211412

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