A Rapid PCR-RFLP Method for Assessing Heterozygosity of <italic style="font-style: italic">Murraya paniculata</italic> Germplasm

WANG Bocheng; CHEN Ziyuan; HUA Zhongyi; TIAN Hui; XIE Wenbo; YUAN Yuan

doi:10.13422/j.cnki.syfjx.20231512

您当前的位置：

首页 >

文章列表页 >

A Rapid PCR-RFLP Method for Assessing Heterozygosity of Murraya paniculata Germplasm

更新时间：2024-01-15

- A Rapid PCR-RFLP Method for Assessing Heterozygosity of Murraya paniculata Germplasm
- Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae Vol. 30, Issue 4, Pages: 29-34(2024)
- 作者机构：
  
  1.广西中医药大学，南宁 530200
  2.中国中医科学院中药资源中心，北京 100700
  3.华润三九医药股份有限公司，广东深圳 518029
- 作者简介：
- 基金信息：
- DOI：10.13422/j.cnki.syfjx.20231512
  CLC： R284.2;R285;R289;R287;R22;R2-031;R33;R24
- Received：02 August 2023，
  
  Published Online：03 November 2023，
  
  Published：20 February 2024
- 稿件说明：
移动端阅览
王博铖,陈梓媛,华中一等.千里香杂合度PCR-RFLP快速评估方法的建立[J].中国实验方剂学杂志,2024,30(04):29-34.

WANG Bocheng,CHEN Ziyuan,HUA Zhongyi,et al.A Rapid PCR-RFLP Method for Assessing Heterozygosity of Murraya paniculata Germplasm[J].Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2024,30(04):29-34.
王博铖,陈梓媛,华中一等.千里香杂合度PCR-RFLP快速评估方法的建立[J].中国实验方剂学杂志,2024,30(04):29-34. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.20231512.

WANG Bocheng,CHEN Ziyuan,HUA Zhongyi,et al.A Rapid PCR-RFLP Method for Assessing Heterozygosity of Murraya paniculata Germplasm[J].Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2024,30(04):29-34. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.20231512.

摘要

目的

建立一种快速评估千里香种质材料杂合度的方法，为制定千里香的优异种质繁育策略和促进种质创新提供依据。

方法

以65株千里香重测序数据为基础，检测并筛选单核苷酸多态性（SNPs），利用其中20个SNP位点，通过自编脚本将其转化为限制性内切酶片段长度多态性（RFLP）标记；采用聚合酶链式反应-限制性内切酶长度多态性（PCR-RFLP）法对12份千里香种质的20个RFLP标记进行检测，根据RFLP标记位点酶切片段数目计算千里香种质的杂合度；采用plink软件计算12份千里香种质的全基因组杂合度，并比较不同种质杂合度评估方法得到的结果。

结果

PCR-RFLP法和基因组重测序法计算的杂合度间差异无统计学意义。利用PCR-RFLP法筛选获得了8份杂合度<30%的种质材料，利用基因组重测序法筛选获得9份杂合度<30%的种质材料，2种方法计算杂合度均<30%的种质材料共7份。

结论

该文建立了千里香种质杂合度评估的PCR-RFLP法，其精确度为87.5%，准确率为77.8%，该法可为其他药用植物种质杂合度评估方法研究提供借鉴。

Abstract

Objective

To establish a rapid method for evaluating the heterozygosity of

Murraya paniculata

germplasm materials and provide as a foundation for developing germplasm breeding and innovation measures for

M. paniculata

Method

Single nucleotide polymorphisms （SNPs） were screened from the genome resequencing data of 65 plants of

M. paniculata

. A self-written script was used to transform 20 SNPs into restriction fragment length polymorphism （RFLP） markers. Polymerase chain reaction

restriction fragment length polymorphism （PCR-RFLP） was employed to detect the 20 RFLP markers in 12

M. paniculata

germplasm accessions， and the heterozygosity of

M. paniculata

germplasm accessions was calculated based on the number of enzyme-cutting bands at the 20 RFLP marker sites. Plink was used to calculate the whole genome heterozygosity of 12

M. paniculata

germplasm accessions， and the results obtained with different methods were compared.

Result

There was no significant difference in the heterozygosity calculated by the PCR-RFLP method and the genome resequencing method. The PCR-RFLP and genome resequencing methods identified 8 and 9 germplasm accessions， respectively， with a heterozygosity level less than 30%. Seven germplasm accessions with heterozygosity less than 30.00% were calculated by both methods.

Conclusion

The PCR-RFLP method established in this study for evaluating the heterozygosity of

M. paniculata

germplasm demonstrates the precision of 87.5% and the accuracy of 77.8%. This method serves as a reference for developing heterozygosity evaluation methods in other medicinal plant germplasm resources.

关键词

Keywords

references

国家药典委员会 . 中华人民共和国药典：一部［M］. 北京：中国医药科技出版社， 2020 .

陈梓媛，赵玉洋，谢旭桃，等 . 多基原九里香药材的多重位点特异性PCR鉴别［J］. 中国实验方剂学杂志， 2022 ， 28 （ 17 ）： 106 - 112 .

鹿梦秋，梁海珍，屠鹏飞，等 . 中药九里香两种不同基原植物的药效学比较研究［J］. 中国药学：英文版， 2021 ， 30 （ 1 ）： 49 - 57 .

王茹茹，张珊珊，许红涛，等 . 千里香化学成分研究［J］. 天然产物研究与开发， 2023 ， 35 （ 5 ）： 787 - 797 .

YU G ， ZHANG T ， XU H ， et al . Investigating the active substance and mechanism of San-Jiu-Wei-Tai granules via UPLC-QE-Orbitrap-MS and network pharmacology ［J］. Evid Based Complement Alternat Med ， 2022 ， 2022 ： 1487903 .

杨熙，李瑞，周美，等 . 千里香药学研究概况［J］. 安徽农业科学， 2013 ， 41 （ 33 ）： 12978 - 12979 .

谢旭桃，华中一，李晓琳，等 . 千里香叶片性状的数量分类与内源激素含量分析［J］. 中国实验方剂学杂志， 2021 ， 27 （ 21 ）： 167 - 173 .

许玲，何秋伶，梁宗锁 . 药用植物育种现状、存在的问题及对策［J］. 科技通报， 2021 ， 37 （ 8 ）： 1 - 7 .

孙莹莹，罗睿，杜禹珊，等 . 药用植物杂交育种技术研究进展［J］. 中药材， 2016 ， 39 （ 2 ）： 442 - 446 .

谢莹，华中一，赵玉洋，等 . 快速筛选高纯合度天麻PCR-RFLP鉴定方法［J］. 中国实验方剂学杂志， 2022 ， 28 （ 17 ）： 113 - 118 .

黄璐琦，王继永 . 中药材种业发展与产业化实践［M］. 北京：科学出版社出版， 2022 .

王洁，陈江，鲜彬，等 . 中药品种选育与“中药品质育种”研究思路［J］. 中草药， 2023 ， 54 （ 6 ）： 2012 - 2020 .

黄驹 . 杂合度和胁迫条件对植物突变和重组的影响［D］. 南京：南京大学， 2017 .

肖建才，闫滨滨，杨健，等 . 天南星、半夏的PCR-RFLP鉴别［J］. 中国实验方剂学杂志， 2023 ， 29 （ 6 ）： 194 - 201 .

蒋超，李军德，袁媛，等 . 虻虫的PCR-RFLP鉴别研究［J］. 中国现代中药， 2017 ， 19 （ 1 ）： 16 - 20 .

李慧，钱润，田娜，等 . 红天麻、乌天麻及其杂交天麻的PCR鉴别［J］. 中国中药杂志， 2020 ， 45 （ 15 ）： 3666 - 3671 .

徐岩，邵博宇，徐宁，等 . 应用PCR-RFLP方法鉴定梅花鹿茸与马鹿茸［J］. 中国药学杂志， 2020 ， 55 （ 24 ）： 2021 - 2028 .

高胜寒，禹海英，吴双阳，等 . 复杂基因组测序技术研究进展［J］. 遗传， 2018 ， 40 （ 11 ）： 944 - 963 .

PARK M ， VERA D ， KAMBRIANDA D ， et al . Chromosome-level genome sequence assembly and genome-wide association study of Muscadinia rotundifolia reveal the genetics of 12 berry-related traits ［J］. Hortic Res ， 2022 ， 9 ： uhab011 .

LI H L ， WU L ， DONG Z ， et al . Haplotype-resolved genome of diploid ginger （ Zingiber officinale ） and its unique gingerol biosynthetic pathway ［J］. Hortic Res ， 2021 ， 8 （ 1 ）： 189 .

Views

下载量

CSCD

Alert me when the article has been cited

提交

Tools

Publicity Resources

Identification of Murrayae Folium et Cacumen by Multiplex Allele-Specific PCR

Quantitative Classification of Murraya paniculata Leaf Traits and Endogenous Hormone Contents Analysis

Evaluation of Genetic Diversity and Structure of Some Medicinal Plants of Based on SSR Markers

Related Author

Yuan YUAN

Chao JIANG

Yan JIN

Wenbo XIE

Xutao XIE

Yuyang ZHAO

Ziyuan CHEN

Zhong-yi HUA

Related Institution

State Key Laboratory Breeding Base of Dao-di Herbs， National Resource Center for Chinese Materia Medica， China Academy of Chinese Medical Sciences

National Resource Center for Chinese Meteria Medica China Academy of Chinese Medical Sciences

AI脑图

AI问答

Postal code：100700
Tel：010-84076882 Email：syfjx_2010@188.com
Technical support is provided by Beijing Founder electronics co., LTD 京ICP备11006657号-10 京公网安备11010802024621
It is recommended to read the content of this site in Chrome&IE9+. Please switch to extreme mode in browser 360.
Cookies We use cookies to help provide and enhance our service and tailor content. By continuing, you agree to the use of cookies.

⁰

A Rapid PCR-RFLP Method for Assessing Heterozygosity of Murraya paniculata Germplasm

DOI：10.13422/j.cnki.syfjx.20231512

摘要

Abstract

关键词

Keywords

references