Analyse du traitement de la néphropathie diabétique avec le thé de réchauffement du yang basé sur la technologie de séquençage 5-hmC-Seal

ZHEN Baixin ,  

CHEN Haoyu ,  

MAIMAITIYASEN Duolikun ,  

LI Xuehui ,  

XIAO Hong ,  

LI Xiaxuan ,  

SUBINUER Kuerban ,  

ZHANG Lei ,  

CHEN Hangyu ,  

LIN Jian ,  

LI Linlin ,  

摘要

L'objectif est de cibler le thé de réchauffement du yang et de le couper en utilisant la technologie de séquençage 5-hmC-Seal et la pharmacologie des réseaux pour améliorer l'efficacité du traitement du diabète néphropathique (DN) par le thé de réchauffement du yang et explorer de nouvelles méthodes de développement de nouvelles formules médicamenteuses chinoises. Méthodes: Nous avons recueilli 14 patients diabétiques (DM) et 15 patients atteints de DN hospitalisés au département d'endocrinologie de l'Hôpital universitaire de Pékin en 2021. Nous avons séquencé l'ADN circulant libre (cfDNA) dans le plasma des patients, avons utilisé une analyse de regroupement temporel pour traiter et sélectionner les données de séquençage, avons utilisé une analyse de validation croisée de l'ensemble de gènes DN de la base de données pour obtenir l'ensemble de gènes DN. Nous avons recherché les gènes cibles de 7 plantes médicinales dans le thé de réchauffement du yang dans la base de données et la plateforme d'analyse pharmacologique des médicaments chinois (TCMSP) et l'Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine (ETCM), et nous avons croisé l'analyse des ensembles de gènes DN pour rechercher les gènes communs de la maladie et des composants de plantes médicinales. Nous avons construit un réseau d'interaction protéine-protéine (PPI) en sélectionnant les gènes clés et en recherchant les plantes médicinales parasitées par les gènes clés dans la base de données ETCM, et nous avons écarté les plantes médicinales qui peuvent être supprimées. Nous avons ensuite effectué une analyse d'enrichissement KEGG des gènes DN non intersectoriels, sélectionné les gènes clés dans les voies liées aux DN par apprentissage automatique, et validé la tendance d'expression des gènes modifiés 5-hmC et la faisabilité des gènes cibles comme cibles à l'aide de l'ensemble de données GSE30529. Nous avons recherché les gènes cibles dans la base de données de la banque de ressources de médecine traditionnelle chinoise (TCMBank), et nous avons établi un réseau cible clé-composé de plantes médicinales-médicine traditionnelle chinoise en utilisant la technologie de docking moléculaire pour vérifier l'activité de liaison des composés avec les cibles clés. Nous avons recherché les plantes médicinales candidates ciblant les gènes liés aux DN dans les bases de données TCMSP et ETCM et nous en avons compté le nombre, sélectionné les plantes médicinales candidates et les avons combinées pour former une nouvelle formule. Nous avons ensuite validé l'efficacité de la nouvelle formule avec un modèle de souris DN, mesuré la masse corporelle des souris, la glycémie aléatoire, l'albumine urinaire microscopique (mALB), la créatinine sérique (SCr), l'azote uréique sanguin (BUN), la coloration à l'hématoxyline et à l'éosine (HE), la coloration au PAS, la coloration au trichrome de Masson, l'immunofluorescence, et la réaction d'amplification en chaîne en temps réel (PCR en temps réel). Résultats: L'analyse croisée des résultats a montré que l'ensemble de gènes DN comprenait 507 gènes, parmi lesquels 30 étaient des gènes cibles du thé de réchauffement du yang. Les résultats de l'analyse PPI ont montré que 15% des gènes cibles contributifs (degré) étaient l'interleukine-6 (IL-6), le récepteur de type Toll (TLR4), la lactoferrine (LTF), la lipoprotéine lipase (LPL), le facteur de transcription lié à l'élément de régulation stéroïdienne 1 (SREBF1), la noix de pêche et le lézard dans le thé de réchauffement du yang n'étaient pas liés aux gènes clés et ont été écartés. Par apprentissage automatique, nous avons sélectionné 10 gènes cibles potentiels, parmi lesquels la tendance d'expression du domaine 5 de la famille du domaine TBC1 (TBC1D5), l'homologue B de la voie mineure de l'ADN de recombinaison RAD51 (RAD51B) et la sous-unité de l'alpha 6 du protéasome 20S (PSMA6) était cohérente avec l'ensemble de données GSE30529, et pouvait être utilisée comme cible de médicament. Les résultats du réseau cible clé-composé de plantes médicinales-médicine traditionnelle chinoise et de la technologie de docking moléculaire ont montré que les composés qui se liaient bien aux protéines cibles étaient l'arginine, la glycine, l'huile de muscade, la sérine et la tyrosine, correspondent à 121 médicaments. Le nombre de médicaments candidats ciblant les gènes DN était le plus élevé pour le lyciet, le ginseng, l'igname, la rehmannia préparée, la racine de plumbago, le ginseng dangshen, l'ophiopogon, l'ail, la feuille de carya et la pulmonaire, en combinant à la théorie de médecine traditionnelle chinoise, nous avons éliminé la noix de pêche et le lézard de la formule d'origine de thé de réchauffement du yang, ajouté des préparations de rehmannia et d'igname, les résultats de l'expérimentation animale ont montré que le thé de réchauffement du yang avec ajouts et retraits peut améliorer la fonction rénale des souris DN (P<0.05) et inhiber la fibrose rénale (P<0.05), et l'effet est meilleur que la formule d'origine (P<0.05). Conclusion: Couper le thé de réchauffement du yang en utilisant la technologie de séquençage 5-hmC-Seal, le thé de réchauffement du yang avec ajouts et retraits a un meilleur effet d'inhibition de la fibrose et d'amélioration du DN par rapport à la formule d'origine, ce qui explique la théorie biomédicale derrière l'élaboration des formules médicinales chinoises basée sur l'épigénétique et peut fournir de nouvelles idées pour la recherche de formules médicinales chinoises.

关键词

Néphropathie diabétique; 5-hydroxyméthylcytosine (5-hmC); thé de réchauffement du yang; médecine chinoise

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