El objetivo de este estudio es investigar el impacto de dos tipos de fertilizantes microbianos (fertilizante bacteriano Bacillus subtilis, fertilizante combinado Trichoderma harzianum y Purpureocillium lilacinum) en el crecimiento y desarrollo de la raíz del norte y la acumulación de compuestos activos, así como la diversidad de la comunidad microbiana en el suelo de la zona de la raíz. Utilizamos la raíz de dos años como material de prueba, realizamos ensayos de campo, recolectamos muestras de plantas en el período de amarillamiento (26 de septiembre de 2023), determinamos características agronómicas generales de la raíz del norte; evaluamos la síntesis y acumulación de cuatro compuestos activos (astragalina, curcumina, β-caroteno y boswellina) en la raíz del norte utilizando HPLC; utilizamos la tecnología de secuenciación PacBio Sequel, estudiamos las diferencias en la estructura y diversidad de la comunidad bacteriana de la zona de la raíz del norte con diferentes tratamientos de fertilizantes. Los resultados mostraron que ambos tipos de fertilizantes microbianos tienen un efecto estimulante significativo en la raíz del norte, en comparación con el grupo de control (grupo CK), después de la aplicación del fertilizante bacteriano Bacillus subtilis (16 kg/ha) (1 ha ≈ 667 m²) el grosor del tallo, el peso seco del tallo y las hojas y el peso seco de la raíz del tallo aumentaron significativamente de 0,47 a 1,07 veces (P <0,05); después de la aplicación del fertilizante combinado Trichoderma harzianum y Purpureocillium lilacinum (1,5 kg/ha) el grosor del tallo, el peso seco del tallo y las hojas y el peso seco de la raíz del tallo aumentaron de 0,62 a 0,96 veces (P <0,05), pero el efecto en la altura de la planta no tiene significado estadístico. La aplicación de ambos tipos de fertilizantes microbianos favorece la acumulación significativa de los compuestos activos astragalina, curcumina, β-caroteno y boswellina (P <0,01), y el efecto estimulante del fertilizante bacteriano Bacillus subtilis en la acumulación de los compuestos activos de la raíz del norte supera al fertilizante combinado Trichoderma harzianum y Purpureocillium lilacinum. Los resultados de la secuenciación de alto rendimiento muestran que en comparación con el grupo CK, el fertilizante bacteriano Bacillus subtilis (8 kg/ha) puede aumentar significativamente la biodiversidad bacteriana en la zona de la raíz al regular el índice de Simpson y el índice de Shannon (P <0,05), y la diversidad bacteriana en el fertilizante combinado Trichoderma harzianum y Purpureocillium lilacinum disminuye significativamente (P <0,05); en comparación con la abundancia relativa de taxones superiores en los niveles de puertas y estribo, el contenido relativo de bacterias deformadas Bacillus subtilis aumenta después de la aplicación del fertilizante combinado Trichoderma harzianum y Purpureocillium lilacinum (Proteobacteria, 45,73), género Burkholderia Caballeronia Paraburkholderia, 9,98%), (P <0,01), después de la aplicación del fertilizante combinado Trichoderma harzianum y Purpureocillium lilacinum, el contenido de bacterias del género Acidobacteriota y el género Sphingomonas aumenta significativamente (P <0,01), el fertilizante bacteriano Bacillus subtilis tiene una ventaja insignificante en términos de contenido relativo de bacterias beneficiosas en comparación con el fertilizante combinado Trichoderma harzianum y Purpureocillium lilacinum; El análisis de correlación de Pearson muestra que el género Burkholderia Caballeronia Paraburkholderia, el género Sphingomonas y el contenido de astragalina, curcumina, β-caroteno y boswellina están significativamente correlacionados positivamente (P <0,05). Conclusiones Se ha demostrado que ambos tipos de fertilizantes microbianos pueden aumentar la producción de materia prima medicinal, estimular la síntesis y acumulación de compuestos activos y regular la diversidad microecológica de la raíz del norte, y el efecto del fertilizante bacteriano Bacillus subtilis es superior al del fertilizante combinado Trichoderma harzianum y Purpureocillium lilacinum.