Cluster Analysis of <italic style="font-style: italic">Ziziphora bungeana</italic> from Different Geographical Populations Based on ITS2 and <italic style="font-style: italic">psbA-trnH</italic> Sequences

SU Yan; CHENG Bo; HE Jiang; YANG Wei-jun

doi:10.13422/j.cnki.syfjx.20201614

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Cluster Analysis of Ziziphora bungeana from Different Geographical Populations Based on ITS2 and psbA-trnH Sequences

更新时间：2023-07-12

- Cluster Analysis of Ziziphora bungeana from Different Geographical Populations Based on ITS2 and psbA-trnH Sequences
- Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae Vol. 26, Issue 16, Pages: 175-182(2020)
- 作者机构：
  
  1.新疆农业大学食品科学与药学学院，乌鲁木齐 830091
  2.新疆维吾尔自治区药物研究所新疆维吾尔药重点实验室，乌鲁木齐 830004
- 作者简介：
- 基金信息：
- DOI：10.13422/j.cnki.syfjx.20201614
  CLC： R284.2;R289;R22;R2-031
- Published Online：22 June 2020，
  
  Published：20 August 2020
- 稿件说明：
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苏艳,程波,何江等.不同地理居群新塔花的ITS2和psbA-trnH序列及聚类分析[J].中国实验方剂学杂志,2020,26(16):175-182.

SU Yan,CHENG Bo,HE Jiang,et al.Cluster Analysis of Ziziphora bungeana from Different Geographical Populations Based on ITS2 and psbA-trnH Sequences[J].Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2020,26(16):175-182.
苏艳,程波,何江等.不同地理居群新塔花的ITS2和psbA-trnH序列及聚类分析[J].中国实验方剂学杂志,2020,26(16):175-182. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.20201614.

SU Yan,CHENG Bo,HE Jiang,et al.Cluster Analysis of Ziziphora bungeana from Different Geographical Populations Based on ITS2 and psbA-trnH Sequences[J].Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2020,26(16):175-182. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.20201614.

摘要

目的

分析18个不同地理居群新塔花的内转录间隔区（ITS）2和

psbA-trnH

序列，为其种质资源评价和基原药用植物遗传多样性分析提供参考。

方法

试剂盒法提取新塔花基因组DNA，聚合酶链式反应（PCR）扩增ITS2和

psbA-trnH

间隔区序列，双向测序，拼接，基于Kimura两参数模型（K2P）构建邻接法（NJ）系统发育树。

结果

不同地理居群新塔花ITS2和

psbA-trnH

序列均有种内差异。ITS2序列长度平均为236 bp，检测有9个单倍型，遗传距离为0~0.022，不同地理居群新塔花聚为两支，XTH3，XTH6，XTH9等10个地理居群聚为一支，XTH4，XTH5，XTH10等8个地理居群聚为另一支。除XTH6的

psbA-trnH

序列存在6 bp缺失外，其他地理居群的

psbA-trnH

序列长度均为355 bp，检测有4个单倍型，遗传距离为0~0.023，不同地理居群新塔花聚为两支，XTH1，XTH3，XTH4等12个地理居群聚为一支，XTH14，XTH17，XTH18聚为另一支。基于ITS2+

psbA-trnH

组合序列的系统发育（NJ）树显示，不同地理居群的新塔花可分为两支，XTH11，XTH12，XTH16等12个地理居群聚为一支，XTH14，XTH17，XTH18聚为另一支。

结论

不同地理居群的新塔花地理位置接近或相似，相对遗传距离较小，亲缘关系较为接近，说明不同地理居群新塔花的亲缘关系及其遗传多样性与地理位置相关。

Abstract

Objective

To analyze the internal transcribed spacer（ITS）2 and

psbA-trnH

sequences of

Ziziphora

bungeana

in 18 different geographic populations

in order to provide reference about evaluation of germplasm resources and analysis of genetic diversity of medicinal plants.

Method

Genomic DNAs of the

Z. bungeana

were extracted by kit method. Polymerase chain reaction（PCR）was used to amplify ITS2 and

psbA-trnH

interstitial region sequences，bidirectional sequencing，splicing，and constructing Neighbor-joining（NJ） based on Kimura 2-parameter（K2P） model.

Result

All of sequences of ITS2 and

psbA-trnH

Z. bungeana

in different geographic populations showed intraspecific variations. The average ITS2 sequence length of

Z. bungeana

was 236 bp，9 haplotypes were detected，and the genetic distance was 0-0.022.

Z. bungeana

of different geographical groups gathered into two branches，10 geographic populations

including XTH3，XTH6 and XTH9

were considered as one branch，while 8 geographic populations

including XTH4，XTH5 and XTH10

were the other branch. In addition to XTH6 that lacked 6 in bp

psbA-trnH

sequence，all of the other geographic populations had a 355 bp sequence of

psbA-trnH

，4 haplotypes were detected，and the genetic distance was 0-0.023. 12 geographic populations

such as XTH1，XTH3，XTH4

gathered into one branch，while XTH14，XTH17 and XTH18 gathered into the other branch. NJ tree based on ITS2+

psbA-trnH

combination sequence showed that

Z. bungeana

of different geographical populations could be divided into two branches，with 12 geographical populations

like XTH11，XTH12，XTH16 as one branch

and XTH14，XTH17 and XTH18 as the other branch.

Conclusion

Near or similar geographical locations of different geographical populations implies relatively short genetic distance and relatively close genetic relationship，which indicates that genetic relationship and genetic diversity of

Z. bungeana

in different geographical populations are related to geographical locations.

关键词

Keywords

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Cluster Analysis of Ziziphora bungeana from Different Geographical Populations Based on ITS2 and psbA-trnH Sequences

DOI：10.13422/j.cnki.syfjx.20201614

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