目的：建立当归不同品种间差异代谢物，为当归新品种育种、引种、区划栽培和生态种植提供参考依据。方法：对同一产地、同期采收的5个当归品种岷归1号(MG1)，岷归2号(MG2)，岷归4号(MG4)，岷归5号(MG5)和岷归6号(MG6)进行非靶向代谢组学综合分析。取各品种药材50%甲醇提取物，采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术，结合软件Progenesis QI，通过主成分分析(PCA)和偏最小二乘判别分析(PLS-DA)等方法找出各品种间差异代谢物；依据相对分子质量，二级碎片，KEGG数据库和HMDB数据库以及相关文献信息，对差异代谢物进行鉴定。结果：5个当归品种的代谢物存在明显差异(P<0.05)，MG2，MG4，MG5和MG6中的绿原酸、阿魏酸、色氨酸、阿魏醛等含量显著低于MG1含量(P<0.05)，而藁本内酯、香豆素、牛角苷、棕榈素、原儿茶醛、亚麻酸等含量显著高于MG1(P<0.05)。MG2，MG5及MG6中的代谢物相近，与MG4的代谢物差异较大，此外，还鉴定出38个显著差异代谢物，涉及7种潜在的靶向代谢通路，不同品种当归都可能通过苯丙素类生物合成、类倍半萜烯类化合物的代谢、脂质代谢、氨基酸代谢、碳水化合物代谢、核苷酸代谢、类胡萝卜素、亚麻酸、亚油酸等代谢途径调节代谢物的合成。结论：应用UPLC-Q-TOF-MS和Progenesis QI代谢组学技术从整体水平比较不同品种当归的化学成分，发现其中的差异性及其规律，为当归质量控制、引种、栽培及当归育种和生态种植提供参考依据。