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不同地理居群新塔花的ITS2和
psbA-trnH 序列及聚类分析Cluster Analysis of
Ziziphora bungeana from Different Geographical Populations Based on ITS2 andpsbA-trnH Sequences- 中国实验方剂学杂志 2020年26卷第16期 页码：175-182
- 作者机构：
1.新疆农业大学 食品科学与药学学院，乌鲁木齐 830091
2.新疆维吾尔自治区药物研究所 新疆维吾尔药重点实验室，乌鲁木齐 830004
- 作者简介：
苏艳，硕士，从事药用植物资源与食品安全研究，Tel：0991-2320292，E-mail：1529574793@qq.com
何江，博士，副研究员，从事生药与药用植物资源研究，Tel：0991-2320292，E-mail：hj_1211@163.com
杨伟俊，博士，研究员，从事维吾尔药资源学研究，Tel：0991-2320292，E-mail：wilfred3106@163.com
- 基金信息：新疆维吾尔自治区自然科学基金项目(2017D01B45)
DOI：10.13422/j.cnki.syfjx.20201614
中图分类号： R284.2;R289;R22;R2-031纸质出版日期：2020-08-20，
网络出版日期：2020-06-22，
- 稿件说明：
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苏艳,程波,何江等.不同地理居群新塔花的ITS2和psbA-trnH序列及聚类分析[J].中国实验方剂学杂志,2020,26(16):175-182.
SU Yan,CHENG Bo,HE Jiang,et al.Cluster Analysis of Ziziphora bungeana from Different Geographical Populations Based on ITS2 and psbA-trnH Sequences[J].Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2020,26(16):175-182.
苏艳,程波,何江等.不同地理居群新塔花的ITS2和psbA-trnH序列及聚类分析[J].中国实验方剂学杂志,2020,26(16):175-182. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.20201614.
SU Yan,CHENG Bo,HE Jiang,et al.Cluster Analysis of Ziziphora bungeana from Different Geographical Populations Based on ITS2 and psbA-trnH Sequences[J].Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2020,26(16):175-182. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.20201614.
摘要
目的
2
分析18个不同地理居群新塔花的内转录间隔区（ITS）2和
psbA-trnH
序列，为其种质资源评价和基原药用植物遗传多样性分析提供参考。
方法
2
试剂盒法提取新塔花基因组DNA，聚合酶链式反应（PCR）扩增ITS2和
psbA-trnH
间隔区序列，双向测序，拼接，基于Kimura两参数模型（K2P）构建邻接法（NJ）系统发育树。
结果
2
不同地理居群新塔花ITS2和
psbA-trnH
序列均有种内差异。ITS2序列长度平均为236 bp，检测有9个单倍型，遗传距离为0~0.022，不同地理居群新塔花聚为两支，XTH3，XTH6，XTH9等10个地理居群聚为一支，XTH4，XTH5，XTH10等8个地理居群聚为另一支。除XTH6的
psbA-trnH
序列存在6 bp缺失外，其他地理居群的
psbA-trnH
序列长度均为355 bp，检测有4个单倍型，遗传距离为0~0.023，不同地理居群新塔花聚为两支，XTH1，XTH3，XTH4等12个地理居群聚为一支，XTH14，XTH17，XTH18聚为另一支。基于ITS2+
psbA-trnH
组合序列的系统发育（NJ）树显示，不同地理居群的新塔花可分为两支，XTH11，XTH12，XTH16等12个地理居群聚为一支，XTH14，XTH17，XTH18聚为另一支。
结论
2
不同地理居群的新塔花地理位置接近或相似，相对遗传距离较小，亲缘关系较为接近，说明不同地理居群新塔花的亲缘关系及其遗传多样性与地理位置相关。
Abstract
Objective
2
To analyze the internal transcribed spacer（ITS）2 and
psbA-trnH
sequences of
Ziziphora
bungeana
in 18 different geographic populations
in order to provide reference about evaluation of germplasm resources and analysis of genetic diversity of medicinal plants.
Method
2
Genomic DNAs of the
Z. bungeana
were extracted by kit method. Polymerase chain reaction（PCR）was used to amplify ITS2 and
psbA-trnH
interstitial region sequences，bidirectional sequencing，splicing，and constructing Neighbor-joining（NJ） based on Kimura 2-parameter（K2P） model.
Result
2
All of sequences of ITS2 and
psbA-trnH
of
Z. bungeana
in different geographic populations showed intraspecific variations. The average ITS2 sequence length of
Z. bungeana
was 236 bp，9 haplotypes were detected，and the genetic distance was 0-0.022.
Z. bungeana
of different geographical groups gathered into two branches，10 geographic populations
including XTH3，XTH6 and XTH9
were considered as one branch，while 8 geographic populations
including XTH4，XTH5 and XTH10
were the other branch. In addition to XTH6 that lacked 6 in bp
psbA-trnH
sequence，all of the other geographic populations had a 355 bp sequence of
psbA-trnH
，4 haplotypes were detected，and the genetic distance was 0-0.023. 12 geographic populations
such as XTH1，XTH3，XTH4
gathered into one branch，while XTH14，XTH17 and XTH18 gathered into the other branch. NJ tree based on ITS2+
psbA-trnH
combination sequence showed that
Z. bungeana
of different geographical populations could be divided into two branches，with 12 geographical populations
like XTH11，XTH12，XTH16 as one branch
and XTH14，XTH17 and XTH18 as the other branch.
Conclusion
2
Near or similar geographical locations of different geographical populations implies relatively short genetic distance and relatively close genetic relationship，which indicates that genetic relationship and genetic diversity of
Z. bungeana
in different geographical populations are related to geographical locations.
关键词
地理居群新塔花内转录间隔区2psbA-trnH聚类分析遗传距离
Keywords
geographic populationsZiziphora bungeanaITS2psbA-trnHcluster analysisgenetic distance
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