乌头叶面细菌、真菌DGGE分析条件的建立与优化

李娜; 胡亮; 王婷; 欧洪; 王光志

doi:10.13422/j.cnki.syfjx.2017040058

您当前的位置：

首页 >

文章列表页 >

乌头叶面细菌、真菌DGGE分析条件的建立与优化

资源与鉴定 | 更新时间：2024-01-04

- 乌头叶面细菌、真菌DGGE分析条件的建立与优化
- Establishment and Optimization of DGGE Analysis Methods for Phylloplane Bacteria and Fungi of
- 中国实验方剂学杂志 2017年23卷第4期页码：58-61
- 作者机构：
- 作者简介：
- 基金信息：
  
  国家自然科学基金项目（30901962）;四川省教育厅重点项目（15ZA0098）
- DOI：10.13422/j.cnki.syfjx.2017040058
  中图分类号： S435.672
- 纸质出版日期：2017
- 稿件说明：
移动端阅览
李娜, 胡亮, 王婷, 等. 乌头叶面细菌、真菌DGGE分析条件的建立与优化[J]. 中国实验方剂学杂志, 2017,23(4):58-61.

LI Na, HU Liang, WANG Ting, et al. Establishment and Optimization of DGGE Analysis Methods for Phylloplane Bacteria and Fungi of [J]. Chinese journal of experimental traditional medical formulae, 2017, 23(4): 58-61.
李娜, 胡亮, 王婷, 等. 乌头叶面细菌、真菌DGGE分析条件的建立与优化[J]. 中国实验方剂学杂志, 2017,23(4):58-61. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.2017040058.

LI Na, HU Liang, WANG Ting, et al. Establishment and Optimization of DGGE Analysis Methods for Phylloplane Bacteria and Fungi of [J]. Chinese journal of experimental traditional medical formulae, 2017, 23(4): 58-61. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.2017040058.

摘要

目的：筛选并优化适用于分析乌头叶面细菌、真菌多样性的变性梯度凝胶电泳（DGGE）实验条件。方法：采用Touch Down-PCR技术扩增乌头叶面细菌16 S rDNA V3区域和真菌18 S rDNA~5.8 S rDNA序列，利用该扩增产物对乌头叶面细菌、真菌DGGE电泳条件进行优化。采用DGGE垂直电泳法筛选凝胶变性梯度，时间间隔法优化电泳时间。结果：乌头叶面细菌DGGE最佳分析条件为变性剂梯度30%~65%（Gel 10%），电泳温度60℃，电压120 V，电泳时间7 h。乌头叶面真菌DGGE最佳分析条件为变性剂梯度25%~45%（Gel 8%），电泳温度60℃，电压120 V，电泳时间10 h。结论：利用以上优化条件能有效分离乌头叶面细菌16 S rDNA V3区及真菌18 S rDNA~5.8 S rDNA序列，为乌头叶面细菌，真菌的群落结构PCR-DGGE分析提供可靠的技术支撑。

Abstract

Objective: To optimize the denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE) experimental methods applicable to analyze the community composition of phylloplane bacteria and fungi sampled from Aconitum carmichaeli. Method: Touch Down-PCR experiment was conducted to amplified A. carmichaeli phylloplane bacteria 16 S rDNA V3 area and fungi 18 S rDNA~5.8 S rDNA sequences

in order to optimize DGGE electrophoresis conditions. DGGE vertical electrophoresis was used to ameliorate degeneration gradient of gels

and time interval method was used to figure out electrophoresis time. Result: For the phylloplane bacteria

the optimum analytical conditions were denaturant gradient ranging from 30% to 65%(Gel 10%)

electrophoresis temperature at 60℃

voltage of 120 V and electrophoresis time of 7 h. For phylloplane fungi

the optimum analytical conditions were denaturant gradient range ranging from 25% to 45%(Gel 8%)

electrophoresis temperature at 60℃

voltage of 120 V and electrophoresis time of 10 h. Conclusion: The above DGGE analysis conditions can be used to effectively distinguish A. carmichaeli phylloplane bacteria 16 S rDNA V3 area and fungi 18 S rDNA-5.8 S rDNA sequences

so as to provide reliable support for PCR-DGGE analysis of community structure of A. carmichaeli phylloplane bacteria and fungi.

关键词

Keywords

references

浏览量

下载量

CSCD

文章被引用时，请邮件提醒。

提交

工具集

关联资源

乌头叶面微生物菌群变化特征及其与乌头霜霉病相关性

绵马贯众不同萃取部位的抑菌活性

石质土生境银柴胡根系不同层次真菌多样性与土壤性质、药材主要成分的关系

清热利湿方治疗小儿急性细菌性下尿路感染膀胱湿热证的疗效及机制

药用植物乌头净制机制研究