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不同地理居群新塔花的ITS2和
psbA-trnH 序列及聚类分析Cluster Analysis of
Ziziphora bungeana from Different Geographical Populations Based on ITS2 andpsbA-trnH Sequences- 中国实验方剂学杂志 2020年26卷第16期 页码：175-182
- 作者机构：
1.新疆农业大学 食品科学与药学学院，乌鲁木齐 830091
2.新疆维吾尔自治区药物研究所 新疆维吾尔药重点实验室，乌鲁木齐 830004
- 作者简介：
苏艳，硕士，从事药用植物资源与食品安全研究，Tel：0991-2320292，E-mail：1529574793@qq.com
何江，博士，副研究员，从事生药与药用植物资源研究，Tel：0991-2320292，E-mail：hj_1211@163.com
杨伟俊，博士，研究员，从事维吾尔药资源学研究，Tel：0991-2320292，E-mail：wilfred3106@163.com
- 基金信息：新疆维吾尔自治区自然科学基金项目(2017D01B45)
DOI：10.13422/j.cnki.syfjx.20201614
中图分类号： R284.2;R289;R22;R2-031-
网络出版日期：2020-06-22，
纸质出版日期：2020-08-20
- 稿件说明：
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苏艳,程波,何江等.不同地理居群新塔花的ITS2和psbA-trnH序列及聚类分析[J].中国实验方剂学杂志,2020,26(16):175-182.
SU Yan,CHENG Bo,HE Jiang,et al.Cluster Analysis of Ziziphora bungeana from Different Geographical Populations Based on ITS2 and psbA-trnH Sequences[J].Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2020,26(16):175-182.
苏艳,程波,何江等.不同地理居群新塔花的ITS2和psbA-trnH序列及聚类分析[J].中国实验方剂学杂志,2020,26(16):175-182. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.20201614.
SU Yan,CHENG Bo,HE Jiang,et al.Cluster Analysis of Ziziphora bungeana from Different Geographical Populations Based on ITS2 and psbA-trnH Sequences[J].Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2020,26(16):175-182. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.20201614.
摘要
目的
2
分析18个不同地理居群新塔花的内转录间隔区（ITS）2和
psbA-trnH
序列，为其种质资源评价和基原药用植物遗传多样性分析提供参考。
方法
2
试剂盒法提取新塔花基因组DNA，聚合酶链式反应（PCR）扩增ITS2和
psbA-trnH
间隔区序列，双向测序，拼接，基于Kimura两参数模型（K2P）构建邻接法（NJ）系统发育树。
结果
2
不同地理居群新塔花ITS2和
psbA-trnH
序列均有种内差异。ITS2序列长度平均为236 bp，检测有9个单倍型，遗传距离为0~0.022，不同地理居群新塔花聚为两支，XTH3，XTH6，XTH9等10个地理居群聚为一支，XTH4，XTH5，XTH10等8个地理居群聚为另一支。除XTH6的
psbA-trnH
序列存在6 bp缺失外，其他地理居群的
psbA-trnH
序列长度均为355 bp，检测有4个单倍型，遗传距离为0~0.023，不同地理居群新塔花聚为两支，XTH1，XTH3，XTH4等12个地理居群聚为一支，XTH14，XTH17，XTH18聚为另一支。基于ITS2+
psbA-trnH
组合序列的系统发育（NJ）树显示，不同地理居群的新塔花可分为两支，XTH11，XTH12，XTH16等12个地理居群聚为一支，XTH14，XTH17，XTH18聚为另一支。
结论
2
不同地理居群的新塔花地理位置接近或相似，相对遗传距离较小，亲缘关系较为接近，说明不同地理居群新塔花的亲缘关系及其遗传多样性与地理位置相关。
Abstract
Objective
2
To analyze the internal transcribed spacer（ITS）2 and
psbA-trnH
sequences of
Ziziphora
bungeana
in 18 different geographic populations
in order to provide reference about evaluation of germplasm resources and analysis of genetic diversity of medicinal plants.
Method
2
Genomic DNAs of the
Z. bungeana
were extracted by kit method. Polymerase chain reaction（PCR）was used to amplify ITS2 and
psbA-trnH
interstitial region sequences，bidirectional sequencing，splicing，and constructing Neighbor-joining（NJ） based on Kimura 2-parameter（K2P） model.
Result
2
All of sequences of ITS2 and
psbA-trnH
of
Z. bungeana
in different geographic populations showed intraspecific variations. The average ITS2 sequence length of
Z. bungeana
was 236 bp，9 haplotypes were detected，and the genetic distance was 0-0.022.
Z. bungeana
of different geographical groups gathered into two branches，10 geographic populations
including XTH3，XTH6 and XTH9
were considered as one branch，while 8 geographic populations
including XTH4，XTH5 and XTH10
were the other branch. In addition to XTH6 that lacked 6 in bp
psbA-trnH
sequence，all of the other geographic populations had a 355 bp sequence of
psbA-trnH
，4 haplotypes were detected，and the genetic distance was 0-0.023. 12 geographic populations
such as XTH1，XTH3，XTH4
gathered into one branch，while XTH14，XTH17 and XTH18 gathered into the other branch. NJ tree based on ITS2+
psbA-trnH
combination sequence showed that
Z. bungeana
of different geographical populations could be divided into two branches，with 12 geographical populations
like XTH11，XTH12，XTH16 as one branch
and XTH14，XTH17 and XTH18 as the other branch.
Conclusion
2
Near or similar geographical locations of different geographical populations implies relatively short genetic distance and relatively close genetic relationship，which indicates that genetic relationship and genetic diversity of
Z. bungeana
in different geographical populations are related to geographical locations.
关键词
Keywords
references
新疆植物志编辑委员会 . 新疆植物志：第四卷 [M]. 乌鲁木齐 ： 新疆科学技术出版社 ， 2004 ： 326 - 329 .
何江 ， 杨伟俊 ， 刘冲 ， 等 . 维吾尔药新塔花本草考证 [J]. 中国现代中药 ， 2016 ， 18 （ 12 ）： 1550 - 1554 .
刘勇民 . 维吾尔药志：上册 [M]. 乌鲁木齐 ： 新疆科技卫生出版社 ， 1999 ： 446 - 451 .
地力努尔·吐尔逊江 ， 何江 ， 满尔哈巴·海如拉 ， 等 . HPLC同时测定新疆不同产地地理居群新塔花中3种有效成分的含量 [J]. 中国中药杂志 ， 2018 ， 43 （ 9 ）： 1769 - 1773 .
KHAN M ， KHAN S T ， KHAN N A ， et al . The composition of the essential oil and aqueous distillate of Origanum vulgare L. growing in Saudi Arabia and evaluation of their antibacterial activity [J]. Arab J Chem ， 2018 ， 11 （ 8 ）： 1189 - 1200 .
RAUHA J P ， REMES S ， HEINONEN M ， et al . Antimicrobial effects of finnish plant extracts containing flavonoids and other phenolic compounds [J]. Int J Food Microbiol ， 2000 ， 56 （ 1 ）： 3 - 12 .
SARDASHTI A R ， VALIZADEH J ， ADHAMI Y . Chemical composition of the essential oil from Ziziphora clinopodioids Lam. from Iran by means of gas chromatography-mass spectrometry（GC-MS） [J]. J Hortic For ， 2012 ， 4 （ 10 ）： 169 - 171 .
OZTURK S ， ERCISLI S . Antibacterial activity and chemical constitutions of Ziziphora clinopodioides [J]. Food Control ， 2006 ， 18 （ 5 ）： 535 - 540 .
SHAHBAZI Y . Chemical compositions，antioxidant and antimicrobial properties of Ziziphora clinopodioides Lam. essential oils collected from different parts of Iran .[J]. J Food Sci Technol ， 2017 ， 54 （ 11 ）： 3491 - 3503 .
杨小菊 ， 李宁 ， 孟大利 ， 等 . 芳香新塔花化学成分的分离与鉴定 [J]. 沈阳药科大学学报 ， 2008 ， 25 （ 6 ）： 456 - 458 .
李国柱 ， 孟庆艳 ， 王立军 ， 等 . 芳香新塔花化学成分研究 [J]. 中草药 ， 2015 ， 46 （ 17 ）： 2534 - 2539 .
李国柱 . HPLC在线筛选芳香新塔花中抗氧化活性成分及其化学成分的分离与活性研究 [D]. 阿拉尔 ： 塔里木大学 ， 2015 .
杨伟俊 ， 顾政一 ， 满尔哈巴 ， 等 . 芳香新塔花中黄酮类成分的研究 [J]. 时珍国医国药 ， 2011 ， 22 （ 2 ）： 375 - 376 .
张选明 . 芳香新塔花总黄酮保护内皮细胞、抑制炎症反应的抗动脉粥样硬化作用及机制研究 [D]. 乌鲁木齐 ： 新疆医科大学 ， 2018 .
张华 ， 王思静 ， 邢科 ， 等 . 新塔花对ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化模型中TLR4/NF-κb信号通路的影响 [J]. 中国中医急症 ， 2019 ， 28 （ 4 ）： 576 - 578，589 .
陈秋红 ， 李钦 ， 杨伟俊 ， 等 . 芳香新塔花总黄酮对大鼠离体心脏缺血再灌注损伤的保护作用 [J]. 中国现代应用药学 ， 2015 ， 32 （ 3 ）： 264 - 268 .
沙爱龙 ， 陈红玲 ， 孟庆艳 . 维药芳香新塔花水提物的抗炎镇痛作用及其急性毒性 [J]. 中国实验方剂学杂志 ， 2012 ， 18 （ 4 ）： 202 - 204 .
ZHOU H ， MA S J ， SONG S J ， et al . QR code labeling system for Xueteng-related herbs based on DNA barcode [J]. Chin Tradit Herbal Drugs ， 2019 ， 11 （ 1 ）： 52 - 59 .
姜宇珺 ， 张北雪 ， 马善鹏 ， 等 . 基于ITS2序列的苍术属植物遗传关系 [J]. 中国实验方剂学杂志 ， 2019 ， 25 （ 23 ）： 171 - 175 .
郭伟 ， 滕亮 ， 马桂芝 . 意大利牛舌草与其易混淆品的鉴定 [J]. 中国实验方剂学杂志 ， 2018 ， 24 （ 21 ）： 32 - 39 .
KELLER A ， SCHLEICHER T ， SCHULTZ J ， et al . 5.8S-28S rRNA interaction and HMM-based ITS2 annotation [J]. Gene ， 2009 ， 430 （ 1 ）： 50 - 57 .
金艳蕾 ， 周涛 ， 张丽艳 ， 等 . 头花蓼不同地理居群的叶绿体 psbA-trnH 和 trnL-trnF 基因序列与聚类分析 [J]. 中国中药杂志 ， 2011 ， 36 （ 3 ）： 342 - 345 .
张宏意 ， 袁林林 ， 饶秋红 ， 等 . 不同产地何首乌叶绿体 psbA-trnH 基因序列分析 [J]. 中草药 ， 2018 ， 49 （ 5 ）： 1146 - 1149 .
国家药典委员会 . 中华人民共和国药典：四部 [M]. 北京 ： 中国医药科技出版社 ， 2015 .
宋明 ， 张雅琴 ， 林韵涵 ， 等 . 基于ITS2和psbA-trnH序列对细小种子类药材车前子的鉴定比较 [J]. 中国中药杂志 ， 2014 ， 39 （ 12 ）： 2227 - 2232 .
李园园 ， 蔡莉 ， 杨继勇 ， 等 . 基于ITS2和psbA-trnH序列的金钗石斛DNA条形码鉴定研究 [J]. 基因组学与应用生物学 ， 2018 ， 37 （ 8 ）： 3516 - 3524 .
CHEN S L ， PANG X H ， SONG J Y ， et al . A renaissance in herbal medicine identification：From morphology to DNA [J]. Biotechnol Adv ， 2014 ， 32 （ 7 ）： 1237 - 1244 .
苏畅 ， 蔺应雪 ， 王乾 ， 等 . 薄荷及其近缘物种叶的形态特征及DNA条形码鉴定研究 [J]. 中草药 ， 2019 ， 50 （ 15 ）： 3667 - 3672 .
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