Genetic Diversity Analysis and Molecular ID Card Construction of <italic style="font-style: italic">Pinellia ternata</italic> Based on Phenotypic Traits and SSR Markers

XU Yike; LI Shuang; KOU Peiwen; LIU Changle; SUN Xiaochun; HUANG Wenjing

doi:10.13422/j.cnki.syfjx.20231812

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Genetic Diversity Analysis and Molecular ID Card Construction of Pinellia ternata Based on Phenotypic Traits and SSR Markers

更新时间：2024-02-28

- Genetic Diversity Analysis and Molecular ID Card Construction of Pinellia ternata Based on Phenotypic Traits and SSR Markers
  增强出版
- Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae Vol. 30, Issue 5, Pages: 134-142(2024)
- 作者机构：
  
  陕西中医药大学陕西中药资源产业化省部共建协同创新中心，秦药特色资源研究开发国家重点实验室（培育），陕西咸阳 712083
- 作者简介：
- 基金信息：
- DOI：10.13422/j.cnki.syfjx.20231812
  CLC： R284.2;R289;R287;R22;R2-031;R33;R24
- Received：25 September 2023，
  
  Published Online：14 December 2023，
  
  Published：05 March 2024
- 稿件说明：
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许祎珂,李爽,寇佩雯等.基于表型性状和SSR标记的半夏遗传多样性分析及分子身份证构建[J].中国实验方剂学杂志,2024,30(05):134-142.

XU Yike,LI Shuang,KOU Peiwen,et al.Genetic Diversity Analysis and Molecular ID Card Construction of Pinellia ternata Based on Phenotypic Traits and SSR Markers[J].Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2024,30(05):134-142.
许祎珂,李爽,寇佩雯等.基于表型性状和SSR标记的半夏遗传多样性分析及分子身份证构建[J].中国实验方剂学杂志,2024,30(05):134-142. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.20231812.

XU Yike,LI Shuang,KOU Peiwen,et al.Genetic Diversity Analysis and Molecular ID Card Construction of Pinellia ternata Based on Phenotypic Traits and SSR Markers[J].Chinese Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2024,30(05):134-142. DOI： 10.13422/j.cnki.syfjx.20231812.

摘要

目的

研究半夏种质间遗传多样性，解析种质间的亲缘关系，为半夏种质鉴定、品种选育及资源保护提供依据。

方法

该研究以27份半夏作为实验材料，测定其株高、叶长、叶宽等7个表型性状，并基于半夏转录组数据开发设计简单重复序列（SSR）引物，对27份半夏进行聚合酶链式反应（PCR）扩增，利用POPGENE32、PowerMarker V3.25和NTSYS-PC 2.10e软件对半夏种质进行遗传多样性分析。

结果

共筛选出10对具有高度多态性的引物（PIC>0.5），4对中度多态性的引物（0.25<PIC<0.5）。平均检出等位基因3.928 6个，平均Nei's多样性指数（H）和Shannon's指数（I）分别为0.557 8和1.002 9，表现出较高的遗传多样性水平。聚类分析将半夏种质分为7个亚类，同一省份的半夏聚类在相同亚类。采用14对引物构建了27份半夏种质的SSR分子身份证，实现了对每个地区半夏的快速鉴别。

结论

研究结果可为后续半夏的遗传多样性和居群结构研究奠定基础，并为半夏种质资源的鉴定、图谱构建和分子辅助育种提供科学依据。

Abstract

Objective

To study the genetic diversity and genetic relationship of

Pinellia ternata

germplasm resources and provide the basis for germplasm identification， variety breeding， and resource conservation.

Method

In this study， 27

P. ternata

were used as experimental materials to determine seven phenotypic characters， such as plant height， leaf length， and leaf width. Simple sequence repeats （SSR） primers were designed based on

P. ternata

transcriptome data， and polymerase chain reaction （PCR） amplification was performed on 27

P. ternata

samples. The genetic diversity of

P. ternata

germplasm was analyzed by POPGENE32， PowerMarker V3.25， and NTSYS-PC 2.10e software.

Result

A total of 10 pairs of highly polymorphic primers （PIC

0.5） and four pairs of moderately polymorphic primers （0.25

PIC

0.5） were selected. The average number of alleles detected was 3.928 6， and the average Nei's diversity index （H） and Shannon's index （I） were 0.557 8 and 1.002 9， respectively， indicating a high level of genetic diversity. Cluster analysis divided the

Pinellia ternata

into seven categories， and

P. ternata

in the same province were in the same categories. The SSR molecular ID cards of 27

P. ternata

germplasm were constructed with 14 pairs of primers， and the rapid identification of

P. ternata

in each region was realized.

Conclusion

The results of this study can lay a foundation for the genetic diversity and population structure of

P. ternata

and provide a scientific basis for the identification of

P. ternata

germplasm resources， map construction， and molecular-assisted breeding.

关键词

Keywords

references

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Genetic Diversity Analysis and Molecular ID Card Construction of Pinellia ternata Based on Phenotypic Traits and SSR Markers

DOI：10.13422/j.cnki.syfjx.20231812

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